自1958年建院以來，消化科一直以?？菩〗M的形式進(jìn)行醫(yī)教研工作，85年創(chuàng)建消化科，并在鄭芝田、李益農(nóng)、林三仁等國內(nèi)著名專家的領(lǐng)導(dǎo)下，得到了很大的發(fā)展。現(xiàn)在消化內(nèi)科共有病房、門診、急診、內(nèi)鏡室、X線室、和實(shí)驗(yàn)室等6部分。其中實(shí)驗(yàn)室包括病理室、細(xì)胞室、生化室、生理室、免疫室。1985年又經(jīng)北醫(yī)批準(zhǔn)成立北京醫(yī)科大學(xué)消化疾病研究中心，這些組成確立了消化科的組織和領(lǐng)導(dǎo)形式，標(biāo)志著消化科已形成一個完整、獨(dú)立的診療和科研體系。
　　新診療法的創(chuàng)立及應(yīng)用包括科室于1992年首先對于小于2cm直徑粘膜層早期胃癌行內(nèi)鏡下粘膜切除術(shù)，為國內(nèi)首創(chuàng)。對于小于2cm直徑的胃粘膜下腫瘤行內(nèi)鏡下切除成功，也為國內(nèi)率先開展，內(nèi)鏡下胃造瘺術(shù)已獲成功，為國內(nèi)領(lǐng)先。血清及胃液自發(fā)熒光光譜診斷消化道腫瘤，敏感性已達(dá)90％，特異性已達(dá)到85％，并經(jīng)1000例患者驗(yàn)證，在實(shí)驗(yàn)室方法診斷胃癌發(fā)面開創(chuàng)了新途徑。
　　常規(guī)診療方法的應(yīng)用技術(shù)有急診胃鏡檢查，各種治療內(nèi)鏡技術(shù)如胃腸道息肉切除術(shù)、消化道出血內(nèi)鏡止血、食道靜脈曲張硬化治療、胃腸道狹窄擴(kuò)張術(shù)、異物鉗取；ERCP+EST；近年來又開展了膠囊內(nèi)鏡，推進(jìn)式小腸鏡等檢查手段。各種腫瘤抗原的檢查如CA199、CA125、CEA；PCR技術(shù)的臨床應(yīng)用，如乙肝病毒的檢測；胃腸道粘膜活檢病理檢查；碳13尿素呼吸試驗(yàn)等。
　　現(xiàn)任主任周麗雅教授，全科共計41人， 其中主任醫(yī)師7人，副主任醫(yī)師5人，副研究員1人，副主任技師1人，主治醫(yī)師或助理研究員11人，承擔(dān)醫(yī)療、教學(xué)以及臨床科研工作。
　　1980年，科室率先引進(jìn)日本先進(jìn)技術(shù)－胃腸道雙重對比造影，并在我國推廣應(yīng)用，使我國X線胃腸道診斷技術(shù)得到大大提高。潰瘍病發(fā)病機(jī)制及治療的臨床研究屬國內(nèi)領(lǐng)先，在這一基礎(chǔ)上針對幽門螺桿菌感染與相關(guān)胃疾患的研究，特別是與胃癌關(guān)系的研究正在深入中，并獲得國際多項合作研究項目，目前這一研究已取得重要進(jìn)展。胃癌的早期診斷及治療研究連續(xù)兩次獲得國家七五、八五攻關(guān)課題。早期胃癌診斷率達(dá)到47.1％，已達(dá)到國際先進(jìn)水平，該課題并于1991年榮獲衛(wèi)生部科技進(jìn)步三等獎及1992年榮獲光華科技基金三等獎。
　　2006年，內(nèi)鏡室建筑面積增至600余m2。 2007年，在富士能公司投資基礎(chǔ)上，消化科成立內(nèi)鏡培訓(xùn)中心，成為全國消化醫(yī)師正規(guī)內(nèi)鏡培訓(xùn)基地。目前內(nèi)鏡室擁有以下先進(jìn)設(shè)備：電子內(nèi)鏡主機(jī)，Doppler電子超聲胃鏡（環(huán)掃、扇掃、小探頭），膠囊內(nèi)鏡，電子雙氣囊小腸鏡，新型電子結(jié)腸鏡，新型電子十二指腸鏡，內(nèi)鏡超聲微探頭，超細(xì)經(jīng)鼻胃鏡，電子放大內(nèi)鏡+FICE系統(tǒng)。消化科病理室擁有Nikon 80i顯微鏡，Nikon SMZ1500實(shí)體顯微鏡等。消化科胃腸造影室則擁有東芝數(shù)字胃腸X光機(jī)的先進(jìn)設(shè)備。
　　2007年消化科與普外、腫瘤科聯(lián)合建立消化系統(tǒng)腫瘤診治中心，為更好對腫瘤患者進(jìn)行及時有效治療提供了平臺。