北京兒童醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科成立至今已經(jīng)有近40年歷史，是中華醫(yī)學會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學組組長單位。醫(yī)院倪鑫院長為耳鼻咽喉頭頸外科專業(yè)，現(xiàn)任中國抗癌協(xié)會頭頸專業(yè)委員會副主任委員，北京醫(yī)學會耳鼻咽喉頭頸外科學分會常務委員;張亞梅主任是中華醫(yī)學會耳鼻咽喉分會小兒學組組長，北京分會耳鼻喉科專業(yè)委員。
　　科室現(xiàn)擁有床位30張，睡眠中心床位12張。專業(yè)設置分為耳科、鼻科、咽喉科、頭頸外科。年門診量約12萬人次，病房年手術量2000余例，年急診量1.8萬例，且呈每年遞增趨勢。科室共有23名醫(yī)師及研究員1名，其中5名主任醫(yī)師，8名副主任醫(yī)師，6名主治醫(yī)師，住院醫(yī)師4人;博士畢業(yè)3人，碩士畢業(yè)8人，有9人在職研究生畢業(yè),4人在職博士研究生在讀，3人即將進入在讀博士行列。有多人到國內(nèi)外進修超過半年。
　　北京兒童醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科在全國小兒耳鼻喉科領域具有領軍的地位，目前正在擔任首都醫(yī)科大學兒童變應性鼻炎的流行病學及早期診斷干預課題的研究。從1996年開始承擔首都醫(yī)科大學臨床耳鼻喉科教學任務，并擔任北京護校教學見習任務;每年培養(yǎng)1～2名進修醫(yī)師，并有多人次的短期進修人員參觀學習;近年共培養(yǎng)了9名碩士研究生。
　　科室在進行常規(guī)手術的同時，開展了一系列具有一定難度的手術項目，如改良乳突根治鼓室成形一次完成術，面神經(jīng)減壓術，人工耳蝸植入手術，新生兒內(nèi)鏡輔助下鼻咽腫物切除術，鼻內(nèi)鏡下鼻腔鼻竇腫瘤切除術，鼻內(nèi)鏡下全組鼻竇開放術，低溫等離子射頻治療睡眠呼吸暫停低通氣綜合征，支撐喉鏡下喉顯微外科手術，喉部及頭頸部腫物切除術等。

特色項目
　　1. 兒童氣管支氣管異物的診斷與治療：在國內(nèi)、國際上已達先進水平，現(xiàn)有一整套完善的氣管異物患兒術前、術后量化評估方法，能做到快速診斷及安全取出異物，20年已取出呼吸道異物10000余例，保持極低的并發(fā)癥率。
　　2. 兒童耳疾病、聽力障礙的診治：已籌備成立兒童聽力診療中心，目前已開展人工耳蝸植入、助聽器驗配，并逐步形成兒童耳疾病的綜合診治中心。
　　3. 開展了人工耳蝸植入技術,到目前為止已經(jīng)完成了約60例耳蝸植入手術，并且正在穩(wěn)步的發(fā)展中
　　4. 兒童頭頸腫瘤的診治：開展了率先開展了多例新生兒、嬰幼兒咽喉及頭頸部腫瘤的治療
　　5. 兒童睡眠相關疾病診斷與治療：北京兒童醫(yī)院是全國最早進行小兒睡眠呼吸疾病研究的醫(yī)院之一，自2002年睡眠實驗室成立以來，每年做多導睡眠呼吸監(jiān)測1500余人次，篩查1000余人次，在診斷與治療兒童睡眠呼吸暫停低通氣綜合征上已形成一套完整的流程體系，率先開展改良咽成形手術術式，提高了手術治療小兒阻塞性睡眠呼吸暫停低通氣綜合征的有效率;對于手術效果欠佳和不適于手術的患兒給予無創(chuàng)通氣治療，取得很好的效果，并積累了大量的經(jīng)驗，該項目在國內(nèi)屬于領先地位。
　　6. 兒童變應性鼻炎診斷與治療：在兒童變應性鼻炎的研究中，醫(yī)院有良好的過敏性疾病的檢測和診斷手段，完成了北京市3~5歲兒童變應性鼻炎的流行病學研究，積累了兒童變應性鼻炎的流行病學數(shù)據(jù)。同時完成了《首都醫(yī)學發(fā)展基金》和《北京市教委科研基金》等多項課題研究。擁有科研梯隊和良好的基礎醫(yī)學研究的條件。倡導并完善了《兒童變應性鼻炎的診療指南》。與新加坡國立大學附屬醫(yī)院變態(tài)反應研究中心有良好的合作關系，并且作為亞太地區(qū)變態(tài)反應疾病協(xié)作組成員之一，參與亞太地區(qū)兒童變應性鼻炎的研究工作。目前正準備開展兒童變應性鼻炎的脫敏治療及鼻科實驗室檢查項目。
　　7. 兒童鼻部疾病的診治：開設了鼻科專業(yè)門診，開展了鼻腔、鼻竇疾病的手術治療，將在兒童鼻竇炎的發(fā)病機制方面進行更深入的研究。
　　8. 2012年，科室率先開展了兒童眩暈的診斷及治療，填補了兒童眩暈及相關疾病診治工作的空白。